液相色谱仪氨基柱在含水量多的时候下是很不稳定的，也不宜在强酸的环境下使用。缓冲液则先用水/乙腈清洗再用乙腈，氨基柱其本质属于正相柱，使用氨基柱除了采用正相系统作为流动相以外，一般还采用乙腈-水作为流动相，但是要求乙腈的含量不得低于80%，含水过多的流动相对氨基柱有损害，一般尽量不要用含水过多流动相。建议用小流速的异丙醇冲洗过夜试试。


氨基柱是同时可以用于正相条件和反相条件的，这一点很多用户都已经知道。但是要注意到的是：正相溶剂和反相溶剂往往是不互溶的，对这一点的忽略可能会带给使用者一些麻烦。NH2柱是在硅胶上键合一个5碳NH2;CN柱是在硅胶上键合一个5碳CN基;NH2.CN都为两相柱。


对于新购买到的柱子，首先请注意打开分析测试说明书，了解柱子的保存溶剂。如果保存溶剂与你将要使用的流动相极性不同不会互溶，请先用异丙醇过渡。过渡过程中注意因异丙醇粘度较大，会导致柱压很高，适当调低流速即可。如果要使用的流动相中还含有缓冲盐类，建议在用分析流动相之前，先用不含缓冲盐的同比例流动相过渡，这样可避免缓冲盐在分析柱内的析出。反相条件下使用时，要特别注意控制PH值范围，PH值越低越有发生水解的危险，流动相中水的比例越高当然也越有发生水解的危险。所以，在使用后以及准备长时间放置该柱时，必要的清洗和将氨基柱保存于纯的有机溶剂中是很好的保养措施。